mysql -e 'show global variables'|awk '{for(i=1; i<=NF; i++)if(NF==1){print $i"#NULL"}else if (i==1){printf "%s", $i"#"} else if(i==NF){print $i} else printf "%s", $i" "}' > FILE

した後

join -t# FILE1 FILE2 > RESULT

となどとして

awk -F# '$2!=$3' RESULT

するとよいのではと思う。

http://d.hatena.ne.jp/fd0/20090801/p1
こちらの方の記事によると、MySQLは、出力先によって出力方法を変えるらしく、
標準出力と、パイプやファイルへリダイレクトした場合では異なるのはそのためだとのことです。