まずは、実例を。
mydata <- c(100, 30, 70, 60, 140)
plot(mydata, type = "l", ylim = c(50,200), yaxt = "n")
axis(2, at = c(50, 100, 200, 150), labels = c(50, "☆", 200, 1000))
としたときのグラフが、これ。

plot() の ylim は、グラフの縦軸の範囲。
この場合だと、50以上なので、2番目のデータ「30」が、表示されていない。
axis() の at は、縦軸のどの位置に、ラベルを表示するかの指定。
ylim で指定された値で、縦軸は既に位置づけがされている。