OS X El Capitan 10.11.6 で確認。

ターミナルで、

defaults write com.apple.screencapture location [path]
killall SystemUIServer

を実行。
[path] で、保存先を指定。

defaults delete com.apple.screencapture location
killall SystemUIServer

で、デフォルトに戻す。

Mac Fan 2016年3月号で読んだ。