まずは、実例を。

mydata <- c(100,  30,  70,  60, 140)
plot(mydata, type = "l", ylim = c(50,200), yaxt = "n")
axis(2, at = c(50, 100, 200, 150), labels = c(50, "☆", 200, 1000))

としたときのグラフが、これ。

plot() の ylim は、グラフの縦軸の範囲。
この場合だと、50以上なので、2番目のデータ「30」が、表示されていない。

axis() の at は、縦軸のどの位置に、ラベルを表示するかの指定。
ylim で指定された値で、縦軸は既に位置づけがされている。

axis() の labels は、at で指定した位置に、何を表示するかの指定。
at での位置指定順に対応している。
at と labels の要素数は、一致しなければならない。