render("hoge.Rmd", "knitrBootstrap::bootstrap_document")
したら
pandoc document conversion failed with error 61
とのメッセージで、エラーになった。

https://stackoverflow.com/questions/47669535/rmarkdown-html-template-pr…
を参考に、
~/.Renviron
に、
R_USER="/Users/myuser"
を記載し、
Rmd ファイルに、
self_contained: yes
を追記して、
---
title: 'TITLE'
output: html_document
self_contained: yes
---
のように変更したら、エラーは消えて、レンダリングできた。